VMD使用手册

2009年7月

中国科学院计算机网络信息中心超级计算中心1

目录

Tinker 软件使用指南..........................................................................................1 目录...................................................................................................................................................2 1. 软件介绍......................................................................................................................................3 2. 软件的安装与测试......................................................................................................................3 安装方法...........................................................................................................................................3 2.1 安装目录及安装信息...............................................................................................................3 2.2 测试结果...................................................................................................................................3 3. 软件的运行使用方法..................................................................................................................6

2

1. 软件介绍

VMD是分子可视化程序，使用OpenGL提供高质量的3D分子图形。用于显示、动画演示和分析大的生物分子体系。

VMD is designed for modeling, visualization, and analysis of biological systems such as proteins, nucleic acids, lipid bilayer assemblies, etc. It may be used to view more general molecules, as VMD can read standard Protein Data Bank (PDB) files and display the contained structure. VMD provides a wide variety of methods for rendering and coloring a molecule: simple points and lines, CPK spheres and cylinders, licorice bonds, backbone tubes and ribbons, cartoon drawings, and others. VMD can be used to animate and analyze the trajectory of a molecular dynamics (MD) simulation. In particular, VMD can act as a graphical front end for an external MD program by displaying and animating a molecule undergoing simulation on a remote computer.

2. 软件的安装与测试 安装方法

下载：http://www.ks.uiuc.edu/Development/Download/download.cgi?PackageName=VMD 选择“LINUX_ OpenGL, CUDA”版（需要注册）

解压vmd-1.8.7beta5.bin.LINUXAMD.opengl.tar.gz

进入解压目录，编辑configure：

$install_bin_dir=\"/home_soft/soft/x86_/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7beta5/bin\"; $install_library_dir=\"/home_soft/soft/x86_/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7beta5/lib/$install_name\";

生成makefile： ./configure

安装：

make install

2.1 安装目录及安装信息

源代码位置: /home_soft/soft/x86_/apps/OpenSoft/vmd/vmd-src/

安装后可运成程序的目录为：/home_soft/soft/x86_/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7beta5/bin/

2.2 测试结果

测试1：显示分子结构, test/vmd/proteins/dna.pdb

Vmd软件主窗口界面，file菜单，new molecule选项，打开molecule file browser窗口， 打开test/vmd/proteins/dna.pdb文件，点击load按钮，display窗口种显示出分子结构。可对分子结构进行操作。

测试结果正常。

测试2：查看轨迹（trajectory）文件, test/vmd/proteins/alanin.dcd

根据vmd-tutorial中介绍的流程操作，软件正常显示分子结构，动画显示轨迹上的结构。

测试结果正常。

3. 软件的运行使用方法

（1）设置环境变量：

登录到LB结点之后，在$HOME/.bashrc文件里面加入下面内容：

export PATH=$PATH: /home_soft/soft/x86_/apps/OpenSoft/vmd/vmd-1.8.7beta5/bin/

（2）安装Remote Graphics Receiver（RGS）软件，从RGS界面终端窗口登陆到可视化节点，运行vmd命令即可。

（3）在vmd软件主窗口进行各种可视化操作。

4. 用户建议

vmd可用gpu加速，有用户建议尝试安装gpu加速版。