一年发两次年终奖需要合并一起计算缴纳个人所得税的。计算方式如下：
1、先用年终奖除以12得到的商数，确定税率，速算扣除数；
2、然后用全年一次性奖金乘以适用税率-速算扣除数计算个人所得税；
3、如果当月工资低于5000，需要用年终奖减去与5000的差额，然后按上述方法计算。
年终奖申报方式如下：
1、首先需要企业登录自然人税收管理系统，点击综合所得申报，再点击全年一次性资金收入；
2、输入员工的姓名、身份证号，再录入全年一次性资金收入，点击保存；
3、进入年终奖申报界面，点击税款计算，弹出应交的个人所得税，核对无税后，再点击返回；
4、纳税人有需要除扣的项目，点击附表填写，如果没有需要扣除的，直接点击申报表报送。
法律依据：《中华人民共和国个人所得税法》第一条
在中国境内有住所，或者无住所而一个纳税年度内在中国境内居住累计满一百八十三天的个人，为居民个人。居民个人从中国境内和境外取得的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。
在中国境内无住所又不居住，或者无住所而一个纳税年度内在中国境内居住累计不满一百八十三天的个人，为非居民个人。非居民个人从中国境内取得的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。
纳税年度，自公历一月一日起至十二月三十一日止。
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