高山姬鼠的体背及四肢外侧呈赭褐色且偏赤，毛基为深灰色。眼周毛色鲜淡，大多数个体构成淡色环。下体从颏到肛门，包括四肢内侧毛白色而带深灰毛基。
高山姬鼠体侧颜色鲜艳，足背为灰白色。尾巴有二色，从黑棕渐转向白色的腹面。有些个体的尾基及四肢内侧背腹交界处有鲜艳橙黄毛区。
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