水田鼠是个体最大的田鼠，体长通常超过150mm，尾长稍大于体长之半，约占体长的56%。尾巴基部粗，向末端逐渐明显变细。尾毛短而密，尾毛长约4-5mm，几乎将尾上的鳞片全覆盖住，尾尖稍形成一束小笔巴。尾巴向前拉，约达其肩部。
水田鼠上门齿由牙根至牙尖，轮廓似半圆形，其齿根在眶前孔的前缘，形成一个稍膨大处。下门齿孔的齿根向后延伸至下颌骨髁突的底部，在其外侧形成一个不太高的小突起。臼齿大而粗，没有齿根，终生持续生长。
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