蜂花粉的安全问题就是有毒花粉的问题和花粉的过敏问题。自然界确实存在极少量的有毒花粉。但有毒花粉在蜜源花粉中数量极少，大多数蜜蜂采集后自身就死亡。因此，蜜蜂一般也不采集这类花粉，蜜蜂已给我们做了毒理实验，食用蜂花粉是安全的。
花粉过敏问题也是一个比较敏感的问题。花粉过敏症是通过鼻子眼睛表面与花粉接触引发的过敏反应，这与人们食用蜂花粉是完全不同的概念。而蜂花粉作为虫媒花粉显然不是引起花粉过敏症的“罪魁祸首”。相反，根据国外的研究，蜂花粉还可以治疗花粉过敏症呢。实际上食用蜂花粉后导致的过敏反应是非常少见的，不必担心这个问题。
食用花粉在我国两千多年前已有记载。长期以来不但把花粉作为食用佳品，在江浙二带的老百姓，每逢松树开发之时，就普遍收集花粉作为糕点食用。近代国内外都有大量的花粉产品安全性方面的科学试验证明，花粉作为食用安全可靠，如我国昆明医学院毒理教研室田昆等对党参花粉进行了毒理的动物模型试验，证明昆明小鼠用党参花粉按25克/千克体重进行急性、亚急性试验后一切活动正常，皮毛光滑，无中毒现象，体重均有不同程度的增加。日本东京大学牧野庄平教授认为，蜜源花粉作为营养食品是绝对安全的，经过蜜蜂采集、加工后的蜂花粉就更安全。中国农科院蜜蜂研究所对蜂花粉致畸，致癌，致突变进行动物模型试验，证明花粉无“三致作用”，国内外大量的毒理医学研究表明，食用花粉是安全可靠的。