公司注销清算所得税应按下列方式进行处理：一般情况下，需要就其清算所得向税务机关申报并依法缴纳企业所得税。切尔前述的清算所得包括企业的全部资产可变现价值或者交易价格减除资产净值、清算费用以及相关税费等后的余额。
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》
第十一条
企业所得税法第五十五条所称清算所得，是指企业的全部资产可变现价值或者交易价格减除资产净值、清算费用以及相关税费等后的余额。
投资方企业从被清算企业分得的剩余资产，其中相当于从被清算企业累计未分配利润和累计盈余公积中应当分得的部分，应当确认为股息所得；
剩余资产减除上述股息所得后的余额，超过或者低于投资成本的部分，应当确认为投资资产转让所得或者损失。
《中华人民共和国企业所得税法》
第五十五条
企业在年度中间终止经营活动的，应当自实际经营终止之日起六十日内，向税务机关办理当期企业所得税汇算清缴。
企业应当在办理注销登记前，就其清算所得向税务机关申报并依法缴纳企业所得税。
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