应该合并在一起扣税,个人所得税按照当月工资总额计算。奖金属于工资。应纳税所得额 = 工资收入金额 - 各项社会保险费 - 起征点(3500元) 应纳税额 = 应纳税所得额 x 税率 - 速算扣除数。
《劳动合同法》第六十二条
【用工单位的义务】用工单位应当履行下列义务：
（一）执行国家劳动标准，提供相应的劳动条件和劳动保护；
（二）告知被派遣劳动者的工作要求和劳动报酬；
（三）支付加班费、绩效奖金，提供与工作岗位相关的福利待遇；
（四）对在岗被派遣劳动者进行工作岗位所必需的培训；
（五）连续用工的，实行正常的工资调整机制。
用工单位不得将被派遣劳动者再派遣到其他用人单位。