隐名股东可以通过以下方法保护自己的合法权益：
1、与显名股东订立书面协议，明确双方的权利义务；
2、与其他股东以及公司签订书面协议，明确各方对股权代持的知悉和同意；
3、参与公司管理，充分行使股东权利。
《最高人民法院关于适用若干问题的规定（三）》第二十四条第一款规定，有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，实际出资人与名义股东对该合同效力发生争议的，如无法律规定的无效情形，人民法院应当认定该合同有效。
一、被代持股份的股东自动是否可以起诉？
代持股份的当事人是不可以起诉以确认股权的。代持股份的情形属于委托持股的情形，实际的权利应当有委托人进行享有。根据我国最高人民法院作出的规定，有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，以名义出资人为名义股东，对该合同效力发生争议的，人民法院应当认定该合同有效。
二、别人开公司用我的名字做股东, 他想成为他的股东
1、名义股东利用实质股东的股权发生的民事法律事件一般按照善意取得的规则来处理；
2、债权人要求名义股东偿还债权的，名义股东不得以其非实质股东为答辩理由，但其可以在偿还相关债权后向实质股东请求赔付；
3、名义股东与实质股东的权利来源于双方协议，该协议具有排他性，当事人不得以股东名册等作为抗辩的理由，相应的，实质股东也不得以其实质股权要求替代名义股东的位置；
4、朋友合伙开公司用当事人的名字入股是有限责任公司的实际出资人与名义出资人订立合同，约定由实际出资人出资并享有投资权益，名义出资人仅是名义上的股东；
5、实际出资人与名义股东的协议的效力仅针对签约双方，不对第三人产生法律约束力。名义股东依照形式主义原则对公司外第三人承担责任