新农合的报销时间有规定，应当从出院当天算起三个月之内有效。
根据省（市）有关文件及虞城县新型农村合作医疗实施方案规定，参加合作医疗的农民在外地出差打工者，须在当地的县级以上公立医疗机构住院，并在住院5日内与县合作医疗办公室取得联系，由家人补办转诊手续，出院后10日内持规定的有效证件到县合管办办理补助手续，否则不予补助。
参合农民在县内定点医疗机构就诊，不需办理转诊手续，转诊到县外定点医疗机构就诊者，须持县级定点医疗机构的诊断和转诊证明报县合管办审批，经批准登记并在出院10日内持有关证件到县合管办按照市级或市级以外就诊执行补助，否则不予补助。
为照顾到部分参合农民在县外就诊后因跨年度的原因不能及时按照要求返回县内进行补偿，该县每年都会将跨年度补偿的时间延后至本年度的2月底。
以下情况不列入新型农村合作医疗报销范围：
（一）非区内定点医院门诊医疗费用（特殊病种门诊治疗费用除外）、未按规定就医、自购药品所产生的费用；
（二）计划生育措施所需的费用，违反计划生育政策的医疗费用；
（三）镶牙、口腔正畸、验光配镜、助听器、人工器官、美容治疗、整容和矫形手术、康复性医疗（如气功、按摩、推拿、理疗、磁疗等）以及各类陪客费、就诊交通费、出诊费、住院期间的其他杂费等费用；
（四）存在第三方责任的情况下，发生人身伤害产生的医药费依法由第三责任方承担，如交通事故、医疗事故、工伤等；
（五）因自杀、自残、服毒、吸毒、打架斗殴等违法行为以及其家属的故意行为造成伤害所产生的医药费；
（六）出国或在港、澳、台地区期间发生的医疗费用；
（七）城镇职工医疗保险制度规定不予报销的药品和项目；
（八）区医管会确定的其他不予报销的费用。