洋葱未经干燥处理或存放不当，会发芽或者腐烂，通常洋葱在15摄氏度左右最容易发芽。发了芽的乃至长出青苗的洋葱不会产生有害人体的物质仍然可以吃。
但是如果洋葱开始腐烂了就不能吃了，削掉腐烂的部位仍然不宜食用，因为细菌很可能已经渗透到看似还完好的部分了，这种洋葱吃了很容易引起腹泻、腹痛等食物中毒症状。
洋葱发芽后鳞块部分的营养物质会转移到顶部供芽生长，营养成分会下降，食用价值会大打折扣。所以建议一次性不宜购买太多洋葱，尽量在洋葱未发芽之前食用。
存放洋葱最好是放在干燥通风的阴凉处，这样可以避免洋葱过早发芽。